Refakturowanie jest czasem określane jako odsprzedaż usług. Polega na tym, że podatnik kupuje usługi na rzecz innej osoby i przenosi na nią koszty tych usług, dokumentując je wystawianą przez siebie fakturą, mimo że sam tych usług nie świadczy. Najpierw, więc podatnik jest usługobiorcą, a następnie usługodawcą tej samej usługi.
Przykładowo, z refakturowaniem mamy do czynienia, gdy wynajmujący lokal kupuje od dostawców prąd, gaz, wodę itd., a następnie koszty tych mediów przerzuca na najemcę mieszkającego w tym lokalu i wystawia mu fakturę obejmującą zarówno usługę najmu, jak i koszty mediów.
Inny przykład: firma leasingowa ubezpiecza samochody i maszyny, które oddaje w leasing, a koszty ubezpieczenia przenosi na klienta refakturując je na niego.
Niestety, refakturowanie nie jest uregulowane wprost w ustawie o VAT i dlatego od dawna budzi wątpliwości. Jedna z nich dotyczy tego, z jaką stawką VAT należy refakturować usługi; czy z taką samą, jaka jest właściwa dla danej usługi (np. dostaw wody, usługi ubezpieczeniowej), czy z taką, według której opodatkowana jest usługa podstawowa (np. najmu, leasingowe).
Inna wątpliwość dotyczy tego, w którym momencie podatnik refakturuje usługi; czy wtedy, kiedy usługa została wykonana (np. wodę i prąd dostarczono do lokalu), czy wtedy, gdy przenosi koszty tej usługi na podmiot, który z niej korzysta. Ma to duże znaczenie, bo od odpowiedzi zależy, kiedy refakturujący ma rozliczyć się z VAT z urzędem skarbowym.
Tym właśnie problemem zajął się Wojewódzki Sąd Administracyjny w Rzeszowie w wyroku z 20 października 2011 r. (sygn. I SA/Rz 573/11). I stwierdził: "usługa refakturowana jest usługą odrębną od usługi pierwotnej". "Nie można zatem uznać, jak uczynił to minister finansów w wydanej przez siebie interpretacji, że usługa refakturowana jest wykonana w tym samym momencie, w którym jest wykonana usługa pierwotna. Nie jest zatem uprawniony wniosek, iż obowiązek podatkowy z tytułu refakturowania powstaje w tej samej dacie, w której powstał obowiązek podatkowy z tytułu świadczenia usługi pierwotnej" - dodał sąd.
Za taką wykładnią przemawia - zdaniem sądu - to, że choć przy refakturowaniu usług świadczona jest jedna usługa, to dla celów podatkowych należy przyjąć, że była ona wyświadczona dwa razy, czyli była przedmiotem dwóch odrębnych transakcji. Wskazuje na to art. 8 ust. 2a ustawy o VAT.
Jednocześnie rzeszowski WSA wyjaśnił, że ustawa o VAT nie określa dla refakturowania odrębnego momentu, w którym powstaje obowiązek podatkowy. Dlatego podatnik - w zależności od tego, które usługi refakturuje - musi stosować zasady ogólne lub szczególne przewidziane dla niektórych rodzajów usług.