Powszechnie uważa się, że instytucja wyłączenia sędziego należy do najważniejszych instytucjonalnych gwarancji bezstronności sądu. Podstawy do wyłączenia sędziego zostały opisane w art. 40 kodeksu postępowania karnego. Zgodnie z art. 40 § 1 kpk sędzia jest z mocy prawa wyłączony od udziału w sprawie, jeżeli:
1) sprawa dotyczy tego sędziego bezpośrednio,
2) jest małżonkiem strony lub pokrzywdzonego albo ich obrońcy, pełnomocnika lub przedstawiciela ustawowego albo pozostaje we wspólnym pożyciu z jedną z tych osób,
3) jest krewnym lub powinowatym w linii prostej, a w linii bocznej aż do stopnia pomiędzy dziećmi rodzeństwa osób wymienionych w pkt 2 albo jest związany z jedną z tych osób węzłem przysposobienia, opieki lub kurateli,
4) był świadkiem czynu, o który sprawa się toczy, albo w tej samej sprawie był przesłuchany w charakterze świadka lub występował jako biegły,
5) brał udział w sprawie jako prokurator, obrońca, pełnomocnik, przedstawiciel ustawowy strony, albo prowadził postępowanie przygotowawcze,
6) brał udział w wydaniu zaskarżonego orzeczenia lub wydał zaskarżone zarządzenie,
7) brał udział w wydaniu orzeczenia, które zostało uchylone,
8) (uchylono)
9) brał udział w wydaniu orzeczenia, co do którego wniesiono sprzeciw,
10) prowadził mediację.
Przyczyny wyłączenia sędziego wymienione powyżej powodują bezwzględną niezdolność sędziego do brania udziału w sprawie. Z uwagi na szczególną istotę takiego wyłączenia przyjmuje się, że podstaw wyłączenia nie można interpretować rozszerzająco.
Drugim rodzajem wyłączenia sędziego, uregulowanym w art. 41, jest wyłączenie sędziego podejrzanego o stronniczość ( iudex suspectus). Z taką sytuacją spotkamy się np. w sprawie, w której Sędzia w sprawie ponownie rozpoznawanej przed sądem pierwszej instancji, uprzednio brał udział w wydaniu, w tej samej sprawie, orzeczenia sądu odwoławczego, w następstwie którego doszło do jej ponownego rozpoznania. Taka sytuacja nie została wprost opisana w art. 40 kpk – a więc nie może stanowić podstawy do wyłączenia sędziego z mocy prawa – a zdarza się w praktyce przy tzw. „delegowaniach” sędziów rejonowych do sądów okręgowych-odwoławczych, do wydziałów których trafiają ponownie sprawy uchylone do ponownego rozpoznania.
Zobacz: Kodeks postępowania karnego
Oczywiście art. 40 § 1 k.p.k. nie wymienia takiej okoliczności – a tym samym nie może stanowić podstawy do wyłączenia sędziego z mocy prawa. Mając jednak na uwadze zasadę bezstronności sądu, uzasadniony jest pogląd, iż wyłączenie sędziego od orzekania w takiej sprawie winno następować na podstawie przepisu art 41 kpk, aby uwolnić przewodniczącego od jakichkolwiek sugestii czy sugerowania się treścią poprzednio wydanego w instancji odwoławczej orzeczenia.