Wśród największych problemów związanych z podatkiem od nieruchomości podatnicy wymieniają: niejasne przepisy, brak jednolitego wzoru deklaracji podatku od nieruchomości DN-1, podwójną rolę gmin, różne interpretacje przepisów w różnych gminach, opodatkowanie niezależnie od użytkowania. Na szczególne problemy napotykają podatnicy, którzy mają infrastrukturę w kilku gminach, np. firmy telekomunikacyjne, przesyłowe czy paliwowe, sieci sklepów.
Uchwalona przez Sejm 25 czerwca 2015 r. ustawa, która obowiązuje od 1 stycznia 2016 r., wprowadza ułatwienia dla jednostek samorządu terytorialnego, które zdecydują się połączyć, a także stwarza możliwość tworzenia centrów usług wspólnych. Gminy, powiaty, województwa już mogą tworzyć jednostki zapewniające wspólną obsługę administracyjną, finansową i księgową własnych jednostek organizacyjnych.