W praktyce często dochodzi do sytuacji, w których na skutek przeprowadzonych kontroli przez Zakład Ubezpieczeń Społecznych (dalej jako ZUS), pracodawcy zobowiązani są do zweryfikowania podstawy wymiaru składek na ubezpieczenia społeczne oraz zdrowotne (np. na skutek konieczności oskładkowania świadczeń wypłaconych z Zakładowego Funduszu Świadczeń Socjalnych). Pracodawcy, dokonując wpłaty zaległych składek ZUS, często pozbawieni są możliwości dochodzenia od pracowników/byłych pracowników zwrotu tej części składek, która powinna obciążać pracowników.
Co decyduje o tym, czy wynagrodzenie stanowi koszt kwalifikowany, a więc taki, który dodatkowo, w ramach ulgi na badania i rozwój, można odliczyć od przychodu. Zdaniem dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej o odliczeniu kosztów pracowniczych nie decydują zapisy w umowie o pracę, a liczy się faktyczna realizacja zadań badawczo-rozwojowych.