Wśród największych problemów związanych z podatkiem od nieruchomości podatnicy wymieniają: niejasne przepisy, brak jednolitego wzoru deklaracji podatku od nieruchomości DN-1, podwójną rolę gmin, różne interpretacje przepisów w różnych gminach, opodatkowanie niezależnie od użytkowania. Na szczególne problemy napotykają podatnicy, którzy mają infrastrukturę w kilku gminach, np. firmy telekomunikacyjne, przesyłowe czy paliwowe, sieci sklepów.
Do podmiotów, które nie posiadają statusu przedsiębiorcy prowadzącego księgi rachunkowe przy użyciu programów komputerowych, należy odpowiednio zastosować okres przejściowy, jaki został przewidziany dla mikro-, małych i średnich przedsiębiorców. Tak wynika z interpretacji ogólnej przepisów prawa podatkowego, wydanej 20 czerwca 2016 r. przez Ministra Finansów.