W ustawie CIT, począwszy od 1 stycznia 2018 r., mamy do czynienia z rozdziałem przychodów na przychody z zysków kapitałowych i pozostałe przychody z działalności. Tym samym podatnik uzyskujący przychody z obu tych źródeł jest zobowiązany przyporządkować im również koszty. Wydawało się, jak zauważa ekspert Grant Thornton, że przepisy są jasne, ale im dłużej obowiązują tym więcej pojawia się wątpliwości o prawidłowość rozliczeń podatkowych.
Pracownikowi, który zostaje wysłany do pracy za granicę, nie przysługują takie należności, jak zwrot kosztów noclegów, diety czy ryczałty za lokalne przejazdy. Podlega on jako pracownik delegowany szczególnym zasadom w zakresie ubezpieczeń społecznych oraz rozliczeń z tytułu podatku dochodowego od osób fizycznych. Aby wypełnić obowiązki z tym związane, pracodawca musi prawidłowo ustalić właściwość państwa, w którym pracownik będzie ubezpieczony, oraz jego rezydencję podatkową.
W myśl art. 15 ust. 1 ustawy o PDOP, kosztami uzyskania przychodów są koszty poniesione w celu uzyskania przychodów ze źródła przychodów lub w celu zachowania lub zabezpieczenia źródła przychodów, z wyjątkiem kosztów wymienionych w art. 16 ust. 1. Zgodnie z przywołanym przepisem, kosztami podatkowymi są wszelkie racjonalne ekonomicznie koszty, które wykazują związek
z przychodami, a które jednoczenie nie zostały uwzględnione w katalogu wydatków niestanowiących kosztów podatkowych.
Jak wynika z przepisów ustawy o PIT, nie jest objęte niezwiązane z wykonywaniem działalności gospodarczej zbycie ruchomości, jeśli od czasu jej nabycia upłynęło 6 miesięcy. W przypadku nieruchomości lub ich części oraz udziału w nieruchomości okres ten wynosi 5 lat od zakończenia roku kalendarzowego, w którym nastąpiło ich nabycie. Skąd więc żądanie 19% podatku, jeżeli małżeństwo nabyło nieruchomość nie 5, a 9 lat przed sprzedażą? Trwający 3,5 roku spór podatnika z fiskusem zakończył się przed Naczelnym Sądem Administracyjnym.
Dochowanie należytej staranności przez nabywców towarów w transakcjach krajowych to temat, który od dawna budzi wiele wątpliwości. Firmy obawiają się, że błąd może je wiele kosztować, w przypadku gdy organy udowodnią, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć przy dochowaniu należytej staranności, że przez nabycie towaru weźmie udział w transakcji związanej z oszustwem w podatku VAT. W takiej sytuacji mogą mu one odmówić prawa do odliczenia podatku VAT.