Wreszcie korzystna zmiana w podatkach - Prezydent podpisał, a zmiany już weszły w życie

• Deregulacja wkracza do przepisów podatkowych – korzystne zmiany w Ordynacji podatkowej podpisane przez Prezydenta
• Nowe zasady w zakresie naliczania odsetek – motywacja dla fiskusa do sprawniejszej kontroli
• Fundamentalna zmiana: "domniemanie niewinności" w postępowaniu podatkowym staje się faktem
• Wyjątki od nowej zasady – kiedy fiskus może nadal wyjaśniać wątpliwości na niekorzyść podatnika?
• Kiedy nowe przepisy wejdą w życie?

Deregulacja wkracza do przepisów podatkowych – korzystne zmiany w Ordynacji podatkowej podpisane przez Prezydenta

W październiku Prezydent RP podpisał dwie odrębne, choć powiązane, nowelizacje Ordynacji podatkowej. Choć nie są to bardzo obszerne akty prawne, wprowadzają istotne modyfikacje w procedurze podatkowej – z wyraźnym akcentem na korzyść podatników. Zmiany te stanowią część szerszego pakietu deregulacyjnego, którego opracowanie powierzono specjalnemu zespołowi pod kierownictwem Rafała Brzoski. To ważny krok w kierunku uproszczenia i ucywilizowania relacji podatnik–organ podatkowy.

Nowe zasady w zakresie naliczania odsetek – motywacja dla fiskusa do sprawniejszej kontroli

Pierwsza z nowelizacji, wynikająca z ustawy z dnia 12 września 2025 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa (druk sejmowy nr 1439), dodaje do Ordynacji nową, praktyczną i korzystną dla podatników regulację w kwestii odsetek za zwłokę. Ustawa przewiduje, że w określonych sytuacjach fiskus nie naliczy odsetek od zaległości podatkowej – mimo że zaległość taka zostałaby stwierdzona w wyniku kontroli. Nowe przepisy mają zadziałać jak impuls mobilizujący dla organów skarbowych, by prowadziły kontrole sprawniej i szybciej. Zgodnie z nową regulacją, jeśli kontrola podatkowa lub kontrola celno-skarbowa nie zakończy się w ciągu 6 miesięcy od daty jej wszczęcia, organy skarbowe nie będą mogły naliczyć podatnikowi odsetek za zwłokę za okres wykraczający poza ten sześciomiesięczny termin.

Co jednak istotne, oczywiście ustalony został katalog wyłączeń od powyższego, a do terminu 6-miesięcznego trwania kontroli, w którym można naliczyć odsetki za zwłokę, nie wlicza się:

• terminów przewidzianych w przepisach prawa podatkowego dla dokonania określonych czynności;
• okresów zawieszenia kontroli podatkowej i kontroli celno-skarbowej, z wyjątkiem przypadków, o których mowa w art. 119gb § 2 i art. 284a § 5 Ordynacji podatkowej;
• okresów opóźnień spowodowanych z winy strony lub jej przedstawiciela albo z przyczyn niezależnych od organu.

Nowelizacja wchodzi w życie po upływie 14 dni od ogłoszenia jej w Dzienniku Ustaw, to jest zaczęła obowiązywać dokładnie od 04.11.2025 r. Co ważne z punktu widzenia praktycznego, nowe przepisy znajdą zastosowanie również do kontroli wszczętych do 6 miesięcy przed dniem wejścia jej w życie, o ile nie zostały jeszcze zakończone. Choć zmiana ta nie rewolucjonizuje systemu, z całą pewnością zwiększa ochronę podatnika przed przewlekłością procedur oraz nadmiernym obciążeniem fiskalnym.

Fundamentalna zmiana: "domniemanie niewinności" w postępowaniu podatkowym staje się faktem

Znacznie poważniejszy charakter ma druga z podpisanych przez Prezydenta nowelizacji – również z 12 września 2025 r., tym razem oznaczona jako druk sejmowy nr 1265. Wprowadza ona do Ordynacji podatkowej swoistą zasadę "domniemania niewinności", która dotychczas – choć powszechnie znana z procesu karnego – formalnie nie znajdowała odzwierciedlenia w procedurze podatkowej.

Do art. 122 dodano §2, który stanowi, że:

„W postępowaniu podatkowym wszczętym z urzędu niedające się usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego rozstrzyga się na korzyść strony, z wyjątkiem przypadków gdy:

1. w postępowaniu uczestniczą strony o spornych interesach lub wynik postępowania ma bezpośredni wpływ na interesy innych osób;
2. przepisy prawa wymagają od strony wykazania określonych faktów;
3. sprzeciwia się temu ważny interes publiczny, w tym istotny interes państwa.”

W praktyce oznacza to, że w postępowaniach inicjowanych przez organ administracji skarbowej — a więc nie na wniosek podatnika — każde nieusuwalne wątpliwości co do faktów (podkreślmy: nie przepisów prawa!) muszą być interpretowane na korzyść podatnika. Jeśli więc organ nie będzie w stanie jednoznacznie udowodnić, iż dane zdarzenie miało miejsce w określony sposób, nie może na tej podstawie wyciągać dla podatnika negatywnych konsekwencji.

Wyjątki od nowej zasady – kiedy fiskus może nadal wyjaśniać wątpliwości na niekorzyść podatnika?

Nowa zasada nie znajdzie jednak zastosowania zgodnie z wyżej powołanych przepisach w takich sytuacjach, jak:

• w postępowaniach mających wiele stron i interesów sprzecznych – np. w sprawach transakcji między podmiotami powiązanymi,
• gdy ustawa nakłada obowiązek dowodowy na stronę postępowania, np. związany z odliczeniem VAT z faktury, co wymaga wykazania istnienia określonego zdarzenia gospodarczego,
• oraz w sytuacjach, w których ważny interes publiczny lub państwowy przeważa nad interesem indywidualnym – gdy np. kontrola dotyczy aspektu wyjątkowo istotnego z punktu widzenia spójności całego systemu podatkowego, bądź praktyki stosowanej przez kontrolowany podmiot, która mogłaby doprowadzić do znacznego uszczuplania budżetu państwa, gdyby niepełne wyjaśnienie stanu faktycznego rozstrzygnąć na korzyść podatnika. Wbrew pozorom, ten wyjątek nie powinien służyć jako furtka dla nieograniczonego stosowania niekorzystnych rozstrzygnięć wobec podatników. Zgodnie z intencją ustawodawcy i logiką konstytucyjną, powinien być wykorzystywany wyłącznie w naprawdę wyjątkowych okolicznościach. Celem nowelizacji nie jest bowiem ograniczenie kompetencji państwa, lecz przywrócenie równowagi między jego interesem a prawami obywatela.

Kiedy nowe przepisy wejdą w życie?

Obie nowelizacje – zarówno ta dotycząca nienaliczania odsetek za przedłużające się kontrole, jak i zasada domniemania niewinności – wchodzą w życie po upływie 14 dni od ogłoszenia w Dzienniku Ustaw. To oznacza, że już weszły w życie z dniem 04.11.2025 r. Co ważne, mają zastosowanie również do postępowań i kontroli trwających w momencie ich wejścia w życie. I chociaż żadna z nowelizacji nie dokonuje może rewolucji, to obie stanowią wyraz zrównoważenia podejścia do postępowań podatkowych. Organy podatkowe otrzymały już w ostatnich latach znaczące uprawnienia. Wprowadzenie zasady rozstrzygania wątpliwości dowodowych na korzyść podatnika i i ograniczenia naliczania odsetek za przewlekłość kontroli to niewątpliwa zmiana w drugą stronę.