Nareszcie jest jakaś korzystna zmiana w opodatkowaniu - Prezydent RP Karol Nawrocki podpisał aż dwie nowelizacje korzystne dla podatników

• Pakiet deregulacyjny dociera do prawa podatkowego - Prezydent zatwierdził korzystne dla podatników zmiany w Ordynacji podatkowej
• Zmienione reguły dotyczące odsetek - bodziec dla administracji do szybszego kończenia kontroli
• Przełomowa nowość: zasada rozstrzygania wątpliwości co do stanu faktycznego na korzyść strony wkracza do procedury podatkowej
• Okoliczności wyłączające nową zasadę – kiedy organ może rozstrzygać wątpliwości na niekorzyść strony?
• Od kiedy obowiązują nowe przepisy?

Pakiet deregulacyjny dociera do prawa podatkowego - Prezydent zatwierdził korzystne dla podatników zmiany w Ordynacji podatkowej

W październiku głowa państwa złożyła podpis pod dwoma odrębnymi, lecz merytorycznie ze sobą związanymi nowelizacjami ustawy Ordynacja podatkowa. Mimo, że nie są to akty prawne o dużej objętości, wprowadzają znaczące modyfikacje w procedurach podatkowych - wyraźnie ukierunkowane na wzmocnienie pozycji podatnika. Nowelizacja wpisują się w szerszy program odbiurokratyzowania gospodarki, za którego przygotowanie odpowiada zespół kierowany przez Rafała Brzoskę. To istotny sygnał świadczący o dążeniu do uproszczenia stosunków pomiędzy obywatelem a aparatem skarbowym.

Zmienione reguły dotyczące odsetek - bodziec dla administracji do szybszego kończenia kontroli

Pierwsza ze wspomnianych nowelizacji wynika z ustawy z dnia 12 września 2025 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa (druk sejmowy nr 1439). Wprowadza ona do systemu podatkowego nową, praktyczną regulację dotyczącą odsetek za zwłokę, która działa na korzyść kontrolowanych podmiotów. Zgodnie z przyjętymi rozwiązaniami, w określonych okolicznościach administracja skarbowa zostanie pozbawiona możliwości naliczenia odsetek od zaległości podatkowej – nawet jeśli taka zaległość zostanie wykryta podczas kontroli.

Nowe unormowania mają pełnić funkcję bodźca mobilizującego urzędników do sprawniejszego i szybszego prowadzenia czynności kontrolnych. Mechanizm działa następująco: gdy kontrola podatkowa bądź kontrola celno-skarbowa nie zostanie zamknięta w terminie 6 miesięcy liczonych od momentu jej rozpoczęcia, organy skarbowe tracą uprawnienie do obciążania podatnika odsetkami za zwłokę za okres przekraczający ten półroczny limit.

Ustawodawca przewidział jednak katalog sytuacji wyłączających stosowanie powyższej zasady. Do sześciomiesięcznego okresu prowadzenia kontroli, w którym dopuszczalne jest naliczanie odsetek za zwłokę, nie zalicza się:

• terminów przewidzianych w przepisach prawa podatkowego dla dokonania określonych czynności;
• okresów zawieszenia kontroli podatkowej i kontroli celno-skarbowej, z wyjątkiem przypadków, o których mowa w art. 119gb § 2 i art. 284a § 5 Ordynacji podatkowej;
• okresów opóźnień spowodowanych z winy strony lub jej przedstawiciela albo z przyczyn niezależnych od organu.

Przepisy tej nowelizacji zaczęły obowiązywać po upływie 14 dni od publikacji w Dzienniku Ustaw, czyli konkretnie od 04.11.2025 r. Szczególnie istotne z perspektywy praktycznej jest to, że nowe regulacje obejmują również kontrole zainicjowane do 6 miesięcy przed dniem wejścia ustawy w życie, pod warunkiem że nie zostały jeszcze zakończone. Choć wprowadzona modyfikacja nie stanowi przewrotu w systemie podatkowym, bezsprzecznie wzmacnia ochronę podatnika przed nadmiernie przeciągającymi się procedurami oraz nieproporcjonalnym obciążeniem finansowym.

Przełomowa nowość: zasada rozstrzygania wątpliwości co do stanu faktycznego na korzyść strony wkracza do procedury podatkowej

Zdecydowanie dalej idący charakter ma druga z ustaw zatwierdzonych przez Prezydenta – również datowana na 12 września 2025 r., figurująca jako druk sejmowy nr 1265. Ustanawia ona w Ordynacji podatkowej odpowiednik zasady „domniemania niewinności", która mimo powszechnej znajomości z postępowań karnych, do tej pory nie była formalnie zakotwiczona w procedurze podatkowej.

W art. 122 pojawił się §2 o następującym brzmieniu:

„W postępowaniu podatkowym wszczętym z urzędu niedające się usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego rozstrzyga się na korzyść strony, z wyjątkiem przypadków gdy:

1. w postępowaniu uczestniczą strony o spornych interesach lub wynik postępowania ma bezpośredni wpływ na interesy innych osób;
2. przepisy prawa wymagają od strony wykazania określonych faktów;
3. sprzeciwia się temu ważny interes publiczny, w tym istotny interes państwa.”

W wymiarze praktycznym oznacza to, że w postępowaniach inicjowanych przez organ administracji skarbowej z własnej inicjatywy — a więc nie na wniosek zainteresowanego podmiotu — wszelkie nieusuwalne wątpliwości dotyczące okoliczności faktycznych (należy podkreślić: nie interpretacji przepisów!) muszą być rozstrzygane z korzyścią dla podatnika. Jeżeli zatem organ nie będzie potrafił jednoznacznie wykazać, że określone zdarzenie przebiegło w konkretny sposób, nie może wykorzystywać tej niepewności jako podstawy do formułowania niekorzystnych dla podatnika wniosków.

Okoliczności wyłączające nową zasadę – kiedy organ może rozstrzygać wątpliwości na niekorzyść strony?

Wprowadzona reguła nie będzie jednak stosowana we wszystkich przypadkach. Zgodnie z przywołanymi przepisami wyłączona zostanie w sytuacjach takich jak:

• postępowania angażujące wiele podmiotów o rozbieżnych interesach – przykładowo w sprawach dotyczących transakcji pomiędzy podmiotami powiązanymi,
• przypadki, gdy przepisy nakładają ciężar dowodowy na stronę postępowania, np. przy odliczeniu podatku VAT z faktury, co wymaga udowodnienia zaistnienia określonej operacji gospodarczej,
• okoliczności, w których ważny interes publiczny lub państwowy przewyższa interes jednostkowy – na przykład gdy kontrola obejmuje zagadnienie szczególnie doniosłe dla integralności całego systemu podatkowego albo praktykę stosowaną przez kontrolowany podmiot, która mogłaby prowadzić do poważnych strat w dochodach budżetowych, gdyby niewyjaśnione okoliczności faktyczne rozstrzygnąć na korzyść podatnika.

Wbrew pozorom ten ostatni wyjątek nie powinien stanowić pretekstu do nieograniczonego wydawania rozstrzygnięć niekorzystnych dla obywateli. Zgodnie z zamierzeniem prawodawcy oraz logiką konstytucyjną, powinien znajdować zastosowanie wyłącznie w rzeczywiście nadzwyczajnych okolicznościach. Celem nowelizacji nie jest jednocześnie osłabienie kompetencji państwa, lecz przywrócenie właściwych proporcji między interesem publicznym a prawami jednostki.

Od kiedy obowiązują nowe przepisy?

Obie nowelizacje – zarówno regulująca ograniczenie naliczania odsetek przy przeciągających się kontrolach, jak i wprowadzająca zasadę rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika – nabrały mocy prawnej po upływie 14 dni od ogłoszenia w Dzienniku Ustaw. W praktyce oznacza to, że funkcjonują już od 04.11.2025 r. Kluczowe znaczenie ma fakt, że znajdują zastosowanie także do postępowań i kontroli będących w toku w momencie ich wejścia w życie, a wszczętych do 6 miesięcy przed wejściem w życie.

Żadna z omawianych ustaw nie wywołuje wprawdzie rewolucji w systemie podatkowym, lecz obie stanowią wyraz dążenia do zrównoważenia pozycji stron w postępowaniach podatkowych. Organy skarbowe otrzymały w ostatnich latach znacząco rozszerzone instrumenty prawne. Wprowadzenie zasady interpretowania wątpliwości dowodowych na korzyść podatnika oraz limitowanie odsetek przy przewlekłych kontrolach to wyraźny krok w przeciwnym kierunku – ku ochronie praw obywatela.