Wreszcie korzystna zmiana w podatkach - Prezydent podpisał, a zmiany wejdą w życie jeszcze w listopadzie 2025, to już pewne

• Deregulacja sięgnęła wreszcie do przepisów podatkowych
• Nowy przypadek nienaliczania odsetek za zwłokę w płatności podatku
• Ta zasada powinna obowiązywać skarbówkę od dawna – domniemanie niewinności dopiero teraz w Ordynacji podatkowej
• Fundamentalna zmiana zasad kontroli skarbowych
• Kiedy zmiany wejdą w życie?

Deregulacja sięgnęła wreszcie do przepisów podatkowych

Będąc precyzyjnym, trzeba wskazać, że Prezydent podpisał w październiku dwie oddzielne nowelizacje Ordynacji podatkowej, które są niezbyt obszerne, ale wprowadzają istotne zmiany do postępowania podatkowego. Jedna nowelizacja wprowadza nową wręcz fundamentalną zasadę. Zmiana w przepisach podatkowych jest jednym z elementów pakietu deregulacyjnego, za którego przygotowanie odpowiada specjalny zespół pod przewodnictwem Rafała Brzoski.

Nowy przypadek nienaliczania odsetek za zwłokę w płatności podatku

Pierwsza z nowelizacji to ustawa z dnia 12 września 2025 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa (druk sejmowy nr 1439 bieżącej kadencji). Wprowadza ona nowy przypadek do katalogu sytuacji, w których mimo stwierdzenia zaległości podatkowej, podatnik nie będzie płacił odsetek za zwłokę (co oznacza, że będzie musiał odprowadzić ewentualnie stwierdzony nie zapłacony podatek, ale niepowiększony o odsetki za zwłokę). Ten nowy przypadek ma mobilizować organy kontroli skarbowej do szybszego prowadzenia kontroli podatkowych, które potrafią być przeciągane niezwykle długo. Mianowicie, odsetki za zwłokę nie będą naliczane w przypadku niezakończenia kontroli podatkowej albo kontroli celnoskarbowej w terminie 6 miesięcy od dnia jej wszczęcia – za okres od dnia następnego po upływie tego terminu do dnia jej zakończenia. To oznacza, że jeżeli fiskus będzie przeciągał kontrolę ponad okres 6 miesięcy, za okres po tych 6 miesiącach trwania kontroli nie uzyska odsetek za zwłokę (oczywiście w przypadku, gdyby kontrola stwierdziła zaległość podatkową). Jednakże trzeba mieć na uwadze, że do terminu 6-miesięcznego trwania kontroli i okresu nienaliczania odsetek za zwłokę nie zalicza się:

• terminów przewidzianych w przepisach prawa podatkowego dla dokonania określonych czynności;
• okresów zawieszenia kontroli podatkowej i kontroli celno-skarbowej, z wyjątkiem przypadków, o których mowa w art. 119gb § 2 i art. 284a § 5 Ordynacji podatkowej;
• okresów opóźnień spowodowanych z winy strony lub jej przedstawiciela albo z przyczyn niezależnych od organu.

Ustawa ma wejść w życie po upływie 14 dni od ogłoszenia w Dzienniku Ustaw, ale przepisy będą miały zastosowanie także do tych kontroli podatkowych i celno-skarbowych, które były wszczęte w okresie 6 miesięcy przed dniem jej wejścia w życie, a niezakończonych przed tym dniem. Ta zmiana nie jest może kolosalna, ale jest dokonywana na korzyść podatnika. Istotniejsza jest natomiast druga nowelizacja z tego samego dnia.

Ta zasada powinna obowiązywać skarbówkę od dawna – domniemanie niewinności dopiero teraz w Ordynacji podatkowej

Druga z nowelizacji Ordynacji podatkowej podpisana przez Prezydenta RP, zatem również z całą pewnością wchodząca w życie, wprowadza bardzo ważną, fundamentalną wręcz zasadę do Ordynacji podatkowej. Co ciekawe, pomimo że pewnie każdy słyszał o zasadzie domniemania niewinności, to jest konieczności wykazania dowodami przez organ państwa, że faktycznie doszło do zachowania niezgodnego z przepisami, nie była ona dotychczas wpisana w ramy postępowania podatkowego. To znaczyło mniej więcej tyle, że w razie kontroli skarbowej i kwestionowania przez fiskusa, np. źródeł dochodu jako niezgłoszonych do opodatkowania, czy trudności w udokumentowaniu przez podatnika zarabiania na ponoszone wydatki, to podatnik musiał się tłumaczyć i przedstawiać dowody na udokumentowanie tego, że nie oszukał fiskusa i wszystko, co powinien opodatkować, zgłosił do urzędu skarbowego i opodatkował. Jednakże nowela Ordynacji podatkowej w postaci ustawy z dnia 12 września 2025 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa (druk 1265) wprowadza wyraźnie do postępowania podatkowego zasadę „domniemania niewinności”. Do art. 122 Ordynacji podatkowej dodano §2, który stanowi, że:

„W postępowaniu podatkowym wszczętym z urzędu niedające się usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego rozstrzyga się na korzyść strony, z wyjątkiem przypadków gdy:

1. w postępowaniu uczestniczą strony o spornych interesach lub wynik postępowania ma bezpośredni wpływ na interesy innych osób;
2. przepisy prawa wymagają od strony wykazania określonych faktów;
3. sprzeciwia się temu ważny interes publiczny, w tym istotny interes państwa.”

Nowelizacja będzie miała zastosowanie także do postępowań, które wszczęto, a nie zakończyły się przed dniem wejścia w życie ustawy zmieniającej. Ustawa wejdzie zaś w życie po upływie 14 dni od jej ogłoszenia.

Fundamentalna zmiana zasad kontroli skarbowych

Powyższa zmiana oznacza, że poza trzema wymienionymi w przepisie wyjątkami, organ kontroli podatkowej w postepowaniu wszczętym z urzędu wątpliwości, których nie udało się wyjaśnić zgromadzonymi dowodami, a dotyczące stanu faktycznego, będzie musiał tłumaczyć w sposób korzystny dla podatnika. Trzeba zwrócić uwagę, że oczywiście wyjaśnianie wątpliwości na korzyść podatnika nie dotyczy wątpliwości interpretacyjnych co do przepisów – dotyczy wyłącznie ustalanego stanu faktycznego danej sprawy. Nie będzie ta zasada obejmowała także przypadków, gdy kontrola dotyczy więcej niż jednej strony – np. gdy fiskus będzie badał transakcje dokonywane między powiązanymi spółkami. Kolokwialnie ujmując, w takich sytuacjach strona niewyjaśniająca wątpliwości leżących po jej stronie, będzie uznawana za „winną”. Także przepisy szczególne mogą wymagać przedstawienia określonych faktów. Na przykład, gdy strona nie będzie w stanie wykazać, że faktycznie doszło do zdarzenia gospodarczego, które było podstawą do otrzymania faktury VAT, z której uzyskała odliczenie, bo nie wykaże w żaden sposób, że weszła w posiadanie nabytych fakturą towarów, to taka sytuacja niekoniecznie będzie rozstrzygana na korzyść podatnika. Ostatni wyjątek ustawowy dotyczy zaś ważnego interesu publicznego, w tym ważnego interesu państwa. Wbrew pozorom, nie powinna to być furtka dla fiskusa do niestosowania zasady rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika, ale instytucja stosowana wyjątkowo, w sytuacjach faktycznie dotyczących ważnego interesu publicznego. Może więc chodzić o przypadki, gdy kontrola podatkowa dotyczy aspektu wyjątkowo istotnego z punktu widzenia spójności całego systemu podatkowego, bądź praktyki stosowanej przez kontrolowany podmiot, która mogłaby doprowadzić do znacznego uszczuplania budżetu państwa, gdyby niepełne wyjaśnienie stanu faktycznego rozstrzygnąć na korzyść podatnika.

Kiedy zmiany wejdą w życie?

Obydwie zmiany Ordynacji podatkowej zostały opublikowane w Dzienniku Ustaw z dnia 20.10.2025 r. pod pozycjami 1414 oraz 1417, co oznacza że zmiany zaczną obowiązywać od 04.11.2025 r., po 14-dniowym vacatio legis.